dquo;心气舒豁，顿为之喜”，认为“必能渐开风气”，此前他听说梁启超“乃旷代奇才，今窥一斑，益为神往矣”。事实证明，梁启超到时务学堂讲学，对湖南影响很深。无论是选学生还是请先生，都显示了陈三立不寻常的见识。1922年，他和梁启超在南京重逢，谈及蔡锷，他告诉梁，当年蔡锷来考时务学堂时只有十四岁，文章不通，已经被排除在录取名单外，是他看蔡锷年少特别录取的，后来果然有大成。这只是其中的一个例子。

在推行新政的过程中，阻力一直存在，1898年春天，左都御史、长沙人徐树铭在保守派的怂恿下，上疏弹劾陈宝箴、江标、徐仁铸等，要求责令撤换梁启超，另外请人主持时务学堂。6月22日，杨深秀上折（康有为代草）请褒扬陈宝箴，当天光绪称许陈“锐意整顿”。到7月29日，杨深秀再次上折（康有为代草）《请奖陈宝箴折》，同日光绪帝的上谕要求陈“务必坚持定见，实力举行，慎勿为浮言所动”，实际是督促陈不要有所退缩。

同年6月18日，陈宝箴保荐了“名位未显，而志行可称，才识殊众”的17人，其中包括杨锐、刘光弟、陈宝琛等，刘光弟与他素不相识，杨锐则是张之洞的门生。陈宝箴想不到，正是这次举荐将为他们父子带来灾难。当戊戌政变的消息传来，他并没有意识到自己处境的危险，还致电荣禄，希望能“息党祸，维元气”。9月24日，张荫桓、徐致靖、杨深秀及谭嗣同、杨锐等“军机四卿”被革职拿办，28日“戊戌六君子”被杀。接着，张荫桓被发配新疆。御史黄桂鎏先后两次上折弹劾远在湖南的陈宝箴。10月6日上谕下达：“湖南巡抚陈宝箴，以封疆大吏滥保匪人，实属有负委任，陈宝箴着即行革职永不叙用。伊子吏部主事陈三立，招引奸邪，着一并革职。”同时被革职永不叙用的还有江标、熊希龄。据说这已是荣禄、王文韶在慈禧太后面前苦求的结果，否则他也有发配新疆的可能。