进攻秘鲁。在圣马丁的领导下，革命军在秘鲁南海港帕拉卡斯登陆，迅速占领了附近的皮斯科镇。

接着，圣马丁封锁了沿海港口，切断了敌人的海上支援和与内地的联系，使敌军陷入孤立。后来，圣马丁又亲自率领部队在秘鲁北部进行作战。经过英勇斗争，1820年底秘鲁北部地区基本上已经全部解放。殖民军队不得不退出利马，退往内地山区，圣马丁率军进驻利马，正式宣告秘鲁独立。并出任护国公，成立新政府。

由于圣马丁在南美解放运动中树立了不朽的功勋，他后来担任了阿根廷北方军总司令，还享有“南美洲的解放者”、秘鲁、智利、阿根廷三个共和国的“祖国之父”和“自由的奠基人”、“南方的华盛顿”等各种称号。

但当他取得了赫赫战功，阿根廷人民准备热烈欢迎他时，他却悄悄地躲开了。

关于他激流勇退的原因，有各种说法，但最直接的原因，是举世闻名的“南北巨子”瓜亚基尔会谈。

1822年7月25日，圣马丁来到瓜亚基尔，与玻利瓦尔会谈，但双方存在分歧，圣马丁悄然离去，并于1822年9月召开国民代表会议，发表了辞职演说，把政权交给代表会议。