出《中华帝国宪政会联合海外二百埠侨民公上请愿书》，倡言“归政”、“迁都”、“开国会”等，《江汉日报》被清廷视之为眼中钉。8月13日，军机处致电湖广总督，指控《江汉日报》“词意狂悖，殊足以扰乱大局，妨害公安”，要求按新公布的报律惩处。第二天，《江汉日报》以“鼓吹革命”的罪名被封禁，共出149期，前后还不足5个月。8月15日出版的《东方杂志》刊出《江汉日报》被封的消息。8月17日，《神州日报》发表论说《汉口报界之悲观》，对《江汉日报》被封表示抗议。

10月19日，日本内务部指控《民报》每期刊登在封底的《本社简章》及《革命之心理》等文，“败坏风俗，扰乱秩序”，“激扬暗杀，破坏治安”，下令将10月10日刚出版的《民报》第24期全部扣押，并禁止今后刊出类似文字。当日，日本警视总监转达的禁令送到《民报》发行人兼编辑人章太炎手中。

此举遭到不少留日学生的抗议，有14人联名以“中华国民”名义向日本内务部递交抗议书。21日，章太炎封还禁令，并致函日本内务大臣表示抗议。23日，章太炎再次致函日本内务大臣予以抗议。26日，章太炎第三次致函日本内务大臣，言辞越来越激烈。对此黄兴、宋教仁和章太炎之间有分歧。黄、宋认为日本政府对《民报》的禁令，并非永远禁止，如交涉得当，尚可争取日方撤回对《本社简章》的禁令，他们对章太炎图一时之快、不留余地的做法不满。章拒绝接受他们的意见。11月24日，远在檀香山《自由新报》发表章太炎《报告民报二十四号停止情形》文，声援《民报》。