许多变法改制的奏折。入狱之后，他自以为必死，9月28日，他得知要处决一批犯人，穿好官服等候上路，几个子侄也准备带上棺材在菜市口等候。因为侄儿徐仁录去路上迎接从长沙北来的徐仁铸，徐仁镜呆了，不能说话，只有侄儿徐仁铨一人赶到菜市口：

看见人山人海，纷纷谈说：差使（按为当时口语，即处决人犯的官卒）出来，头一辆车一定是徐致靖。霎时间，听炮声，远望顺治门洞里，涌出一支人马，街上人喊道：差使来了。又听见有人喊道：很奇怪，怎么头一个斩犯是谭大人呢？（许姬传著《许姬传七十年见闻录》，中华书局1985年版，35页。本文未标明出处的引文均来自此书）

只见第一辆囚车上是谭嗣同，第二辆是杨深秀，第三辆是杨锐，第四辆是林旭，第五辆是刘光弟，最后一辆是康广仁。

徐仁铨目睹大刀王五收了谭嗣同的尸。人散了，也没见伯父被绑出来，只好把棺材先寄存在原来的店中。回了家，见仁镜还瞪着眼呆立在门口，赶紧把他拉进家，告诉他今天没有事。

这一史无前例的惊天大案刑部不敢审，奏请派大臣会审，结果突然下旨处斩，越过了当时所有的法律程序，刑部官员都很惊讶，连《大清律例》都不顾就要杀人。

徐致靖由“斩立决”改为“斩监候”，原来是李鸿章“重托荣禄”，才保住性命。徐、李两家渊源很深，外人不知。他幸免在狱，读书养性，并没有后悔自己卷入维新运动，对前去探监的侄婿言謇博说：“我们主张变法改制，效法明治维新，可谓对症下药，虽然没有成功，但我相信，将来还要走此路，这是大势所趋，少数人阻挠不住的。”狱中，《祭六君子文》《续正气歌》的腹稿都打好了，等他到杭州住下，才默写出来。在狱两年，精通中医的他常为犯人治病，救活了不少人。八国联军进京，全部犯人释放，他不愿走，“我是大清国的犯官，判我绞监候，现在外国人开监放囚犯，我不能听他们的命令”。一直等到监狱的伙食都停了，他才肯出来，并请刑部尚书贵恒代奏请命，两个月后，得到西安来的赦旨，才经天津航海南下，在杭州姚园寺巷定居。这个房子是徐仁铸在戊戌事败母亲病故，扶柩南归后的定居之所。这年8月等到父亲出狱南下时，他已患肺病去世，“徐徐云尔”，父子终于未能见面。当时有人集一联：“不孝男徐仁铸，罪孽深重，不自殒灭，祸延显考；昧死臣谭嗣同，末学新进，罔知忌讳，干冒宸严。”